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Structure, dynamique et ciblage des machines biomoléculaires

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Galerie des structures

Forme duplex étendue du site d'initiation de la dimérisation de l'ARN génomique du VIH-1 de sous-type A
Forme duplex étendue du site d’initiation de la dimérisation de l’ARN génomique du VIH-1 de sous-type A

PDB entries: 462D, 1Y99
Reference: Ennifar E, Yusupov M, Walter P, Marquet R, Ehresmann B, Ehresmann C & Dumas P, Structure (1999)

ARNt de mammifère Lys3
ARNt de mammifère Lys3

PDB entry: 1FIR
Reference: Benas P, Bec G, Keith G, Marquet R, Ehresmann C, Ehresmann B & Dumas P, RNA (2000)

Complexe ARNr des ribosomes S15/16 S
Complexe ARNr des ribosomes S15/16 S

PDB entry: 1DK1
Reference: Nikulin A, Serganov A, Ennifar E, Tishchenko S, Nevskaya N, Shepard W, Portier C, Garber M, Ehresmann B, Ehresmann C, Nikonov S & Dumas P, Nature Stuct Biol (2000)

UUCG ARN tétraloop
UUCG ARN tétraloop

PDB entry: 1F7Y
Reference: Ennifar E, Nikulin A, Tishchenko S, Nevskaya N, Garber M, Ehresmann B, Ehresmann C, Nikonov S & Dumas P, J Mol Biol (2000)

Sous-types A et B du VIH-1 - Initiation de la dimérisation de l'ARN génomique
Sous-types A et B du VIH-1 – Initiation de la dimérisation de l’ARN génomique

PDB entries: 1K9W, 1JJM, 1JJN
Reference: Ennifar E, Walter P, Ehresmann B, Ehresmann C & Dumas P, Nature Struct Biol (2001)

Complexe Ribosomal S8/S16 ARNr
Complexe Ribosomal S8/S16 ARNr

PDB entry: 1I6U
Reference: Tishchenko S, Nikulin A, Fomenkova N, Nevskaya N, Nikonov O, Dumas P, Moine H, Ehresmann B, Ehresmann C, Piendl W, Lamzin V, Garber M & Nikonov S, J Mol Biol (2001)

Complexe ribosomal S15/ARNm (modèle 3D)
Complexe ribosomal S15/ARNm (modèle 3D)

PDB entry : 3D model
Reference: Serganov A, Ennifar E, Ehresmann B & Ehresmann C, J Mol Biol (2002)

Sous-type A HIV-1 DIS ARN lié à 13 cations différents
Sous-type A HIV-1 DIS ARN lié à 13 cations différents

PDB entries : 1NLC, 1O3Z, 1WVD, 1Y6S, 1Y6T, 1Y73, 1Y90, 1Y95, 2OIJ, 2OJ0
Reference : Ennifar E, Walter P & Dumas P, Nucleic Acids Res. (2003)

Anneau de processivité de E.coli lié au peptide de liaison de la polymérase IV
Anneau de processivité de E.coli lié au peptide de liaison de la polymérase IV

PDB entry : 1OK7
Reference: Burnouf DY, Olieric V, Wagner J, Fujii S, Reinbolt J, Fuchs RP & Dumas P, J Mol Biol (2004)

Sous-type F VIH-1 ARN génomique Dimérisation Initiation Site kissing-complex
Sous-type F VIH-1 ARN génomique Dimérisation Initiation Site kissing-complex

PDB entries: 1Y3S, 1ZCI, 1YXP, 1Y3O
Reference: Ennifar E & Dumas P, J Mol Biol (2006)

Sous-type F VIH-1 ARN génomique Dimerization Initiation Site kissing-complex lié aux antibiotiques aminoglycosidiques néamine, ribostamycine, néomycine et lividomycine
Sous-type F VIH-1 ARN génomique Dimerization Initiation Site kissing-complex lié aux antibiotiques aminoglycosidiques néamine, ribostamycine, néomycine et lividomycine

PDB entries: 2FCY, 2FCZ, 2FD0, 2FCX
References: Ennifar E, Paillart JC, Bodlenner A, Walter P, Weibel JM, Aubertin AM, Pale P, Dumas P & Marquet R, Nucleic Acids Res (2006) Ennifar E, Paillart JC, Bernacchi S, Walter P, Pale P, Decout JL, Marquet R & Dumas P, Biochimie (2006)

Initiation de la dimérisation de l'ARN génomique du VIH-1 Complexe de baisers sur site lié à l'apramycine (modèle 3D)
Initiation de la dimérisation de l’ARN génomique du VIH-1 Complexe de baisers sur site lié à l’apramycine (modèle 3D)

PDB entries: 3D model
Reference: Bernacchi S, Freisz S, Maechling C, Spiess B, Marquet R, Dumas P & Ennifar E, Nucleic Acids Res (2007)

Sous-type F VIH-1 ARN génomique Site d'initiation de la dimérisation Duplex étendu non ligaturé et lié aux antibiotiques aminoglycosidiques ribostamycine, paromomycine, néomycine et lividomycine
Sous-type F VIH-1 ARN génomique Site d’initiation de la dimérisation Duplex étendu non ligaturé et lié aux antibiotiques aminoglycosidiques ribostamycine, paromomycine, néomycine et lividomycine

PDB entries: 2QEK, 3C3Z, 3C44, 3C5D, 3C7R
Reference: Freisz S, Lang K, Micura R, Dumas P & Ennifar E, Angewandte Chemie (2008)

Structure du VIH-1 Transcriptase inverse liée à un inhibiteur doté d'un mécanisme d'action inédit
Structure du VIH-1 Transcriptase inverse liée à un inhibiteur doté d’un mécanisme d’action inédit

PDB entries: 3ISN, 3ITH
Reference : Freisz S, Bec G, Radi M, Wolff P, Crespan E, Angeli L, Dumas P, Maga G, Botta M, Ennifar E. Angew Chem Int Ed Engl. 2010

NMR solution structure of the C/D box snoRNA U14

PDB entrie: 6HYK

Reference : M.E. Chagot, M. Quinternet, B. Rothé, B. Charpentier, J. Coutant, X. Manival* & I. Lebars*, 2019, “The yeast C/D box snoRNA U14 adopts a “weak” K-turn like conformation recognized by the Snu13 core protein in solution”, Biochimie, 2019, 164: 70-82.