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L’unité de Recherche “Architecture Et Réactivité de l’ARN” vous donne accès à gratuitement à des logiciels scientifiques :
ASSEMBLE2 a été créé par Fabrice Jossinet
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Objectif du programme
Le programme compare deux cartes cristallographiques ou cryoEM (synthèses de Fourier) calculées dans le même ensemble de nœuds de la grille. Les métriques utilisées par le programme sont inspirées par une comparaison visuelle de deux cartes de ce type. Pour la comparaison, chaque nœud de grille est caractérisé par son rang de quantile qui est une caractéristique intrinsèque d’une isosurface et qui ne change pas avec une échelle monotone, linéaire ou non. La fonction de divergence calculée montre la différence normalisée entre les régions choisies dans ces cartes en appliquant le même seuil de rang quantile. Les corrélations des pics montrent la similarité des pics, également mis à l’échelle dans les rangs quantile, à l’intérieur de ces régions sélectionnées.
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
La version de base du programme a été développée pour Windows et fonctionne également sous Linux et Mac OS.
Le programme peut être exécuté en utilisant les bibliothèques Python (à partir de la version 2.6), wxPython et Numpy installées indépendamment.
Lorsque le GUI PHENIX est installé, on peut également exécuter le programme en tapant la commande COMPaRS.py
Aucune installation n’est nécessaire après le téléchargement de COMPaRS.py.
Téléchargement
- source file in wxPython : COMPaRS.py
- Example files : if2_53_m41_2A.xplor and if2_53_m53_2A.xplor
- readme file : COMPaRS_readme.pdf
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Objectif du programme
La suite dec3D est développée pour décomposer des fonctions ayants une symétrie sphérique dans l’espace tridimensionnel vers une somme de termes, chacun représentant une onde solitaire sphérique (Urzhumtsev & Lunin; BioRxiv, https://doi.org/10.1101/2022.03.28.486044 ). Un exemple de telles fonctions sont des images atomiques d’une résolution limitée, qui sont représentées par un pic à l’origine contourné pas des ondes de rupture de la série de Fourier. Ces termes sont exprimés par la fonction W(r;m,n) développée pour ce but. Une de propriétés de cette fonction est que, une fois décomposée, une image atomique peut être calculée ensuite pour toute valeur du paramètre du déplacement (ADP) et pour toute résolution par une simple modification de valeurs des paramètres m et n. Les algorithmes et logiciels sont décrits par Urzhumtseva et al., http://arxiv.org/abs/2206.08935
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
La suite a été développée sous Windows.
La version en fortran (4 logiciels) a été compilée avec g77.
La version python (4 logiciels + script GUI) a été développée en Python3 (à partir de Python 3.7.4) avec numpy (1.18.4 ou supérieure) et scipy (1.6.3 ou supérieure).
La version interactive utilise aussi wxPython (4.0.6 ou supérieure) and matplotlib (3.4.3 ou supérieure) ; elle est autonome et ne demande pas d’autres logiciels de la suite.
Les logiciels peuvent être compatibles avec certaines versions précédentes de python.
Pour la version fortran, on compile directement dec3D-atom and dec3D-sum et on lance les fichiers ‘make-files’ pour dec3D and dec3D-sumr.
Les commandes pour faire tourner les versions ‘command line’ de logiciels sont :
- dec3D***.exe < dec3D***.dat
- dec3D***.py
où *** est à ignorer pour le logiciel principal et est -atom, -sum, -sumr pour d’autres logiciels.
Tout fichier *.dat file contient une liste complète de paramètres, dont la plupart sont optionnels and peuvent être supprimées.
Téléchargement
- dec3D_fortran.zip – version fortran de logiciels, y compris deux fichiers make-files
- dec3D_py.zip – version en python3
- dec3D_data.zip – exemples de fichiers de données, identiques pour les deux versions
- dec3D_results.zip – quelques exemples de fichiers générés par les logiciels
- dec3D_GUI.zip – fichiers pour la version interactive des logiciels
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Urzhumtseva, L., Urzhumtsev, A. (2008) “Program CRYC3D for geometric computing in crystallography : teaching and applications”. J. Appl.Cryst., 41, 479-480
Objectif du programme
La calculatrice cristallographique fonctionne avec divers objets 3D (ou listes de théis) exprimés en coordonnées cartésiennes ou cristallographiques (fractions) ou définis dans l’espace réciproque.
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
Le programme nécessite que votre ordinateur soit équipé des bibliothèques standard Tcl/tk (Windows, Linux, MacOSX). Si ce n’est pas le cas, elles sont disponibles gratuitement sur un certain nombre de sites, par exemple
- http://www.tcl.tk/software/tcltk/
- http://ankif.free.fr/info
ou d’autres et automatiquement installés.
Pour installer le programme, placez le fichier cryc3D_v4.tcl dans n’importe quel répertoire de votre ordinateur.
IMPORTANT : La première ligne du fichier cryc3D_v4.tcl doit indiquer le chemin d’accès correct à la commande “wish” des bibliothèques Tcl/tk – veuillez corriger si ce n’est pas le cas.
Téléchargement
- fichier source en Tcl : cryc3D_v4.tcl
- documentation du logiciel : cryc3D-demo.ppt
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Objectif du programme
Le programme définit la résolution effective d’un ensemble de réflexions, quelle que soit sa complétude.
Par définition, la résolution effective d_effective coïncide avec la résolution la plus élevée, d_haute, pour tout ensemble de données complet et est différente (généralement inférieure) pour un ensemble de données incomplet.
Pour les ensembles de données anisotropes, on détermine à la fois la résolution la plus élevée et la résolution la plus faible, selon la direction. Les directions correspondantes sont également identifiées.
Le programme définit également la résolution optique minimale et maximale avec les valeurs des amplitudes/intensités de ces réflexions
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
La version de base du programme a été développée pour Windows et fonctionne également sous Linux et Mac OS.
Le programme peut être exécuté en utilisant les bibliothèques Python (à partir de la version 3.7), wxPython et Numpy installées indépendamment.
Lorsque l’interface graphique PHENIX est installée, on peut également exécuter le programme en tapant ma commande efresol_4_1.py
Aucune installation n’est nécessaire après le téléchargement de efresol_4_1.py.
Téléchargement
- source file in wxPython : efresol_4_1.py
- MTZ example files : data_IF2_GDP_pH65.mtz and data_IF2_APO_wt.mtz
- readme file : efresol_readme.pdf
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Objectif du programme :
Etudier la distribution des données de diffraction non mesurées. Contrairement aux statistiques habituelles de complétude des données, le programme montre comment ces réflexions sont distribuées dans l’espace réciproque. Le programme identifie des régions continues de données non mesurées (absentes) et affiche la sphère de l’espace réciproque à une résolution donnée indiquant les réflexions mesurées et non mesurées. Les réflexions non mesurées peuvent être affichées toutes ensemble ou par les régions continues auxquelles elles appartiennent.
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
La version de base du programme a été développée pour Windows, mais il fonctionne également sous Linux et Mac OS.
Pour Python 2 : versions Python à partir de 2.6 + bibliothèque wxPython.
Pour Python 3 : versions Python à partir de 3.7 + bibliothèque wxPython.
Pour installer le programme, copiez les fichiers fobscom_2_1.py (version Python 2) ou fobscom_6_5.py (version Python 3) et fam.itc dans un répertoire quelconque.
Télécharger :
- Les fichiers sources en wxPython : fobscom2_1.py, fobscom_6_5.py
- Base de données des groupes spatiaux (pas demandé pour la version en python 3) : fam.itc
- Exemples : data_IF2_GDP_pH65.mtz, data_IF_APO_wt.mtz
Réalisé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Urzhumtseva, L., Afonine, P.V., Adams, P.D., Urzhumtsev, A. (2009) “Crystallographic model quality at a glance”. Acta Cryst., D65, 297-300
Objectif du programme
Ce programme montre qualitativement si certains paramètres des modèles sont sur- ou sous-affinés ; Il compare les caractéristiques des modèles avec celles des modèles précédemment affinés.
Le programme nécessite que votre ordinateur soit équipé des bibliothèques standard Tcl/tk (Windows, Linux, MacOSX).
Pour installer le programme, placez le fichier polygon0612.tcl dans un répertoire quelconque, dézippez pdb_2009-04-29_ord.zip et regardez ensuite le fichier polygon_readme_2.
Le troisième fichier, polygon_pdb-mvd-examples.zip , contient des exemples de fichiers que POLYGON peut traiter en complément de la base de données
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
Le programme nécessite que votre ordinateur soit équipé des bibliothèques standard Tcl/tk (Windows, Linux, MacOSX).
Pour installer le programme, placez les fichiers polygon0612.tcl et pdb_2009-04-29_ord dans le même répertoire.
IMPORTANT : La première ligne du fichier polygon0612.tcl doit indiquer le chemin d’accès correct à la commande “wish” des bibliothèques Tcl/tk – veuillez corriger si ce n’est pas le cas.
Téléchargement
- fichier source en Tcl : polygon0612.tcl
- base de données : pdb_2009-04-29_ord
- documentation du logiciel : polygon_readme_2
- exemples : polygon_pdb-mvd-examples
pym_convrot a été créé par Ludmila Urzhumtseva et Alexandre Urzhumtsev
Objectif du programme
Le programme a un double objectif :
- Conversion des paramètres de rotation d’une convention à une autre
- Enseignement des différentes conventions des paramètres de rotation
Le programme est une suite méthodologique naturelle du programme “convrot” alors que techniquement il est entièrement original et écrit en python. Toutes les conventions possibles d’Euler et d’angles polaires peuvent être utilisées, ainsi que celles en termes de cosinus de direction et en termes de matrices de rotation. Des démonstrations interactives des conventions d’entrée/sortie aident à comprendre les caractéristiques de ces conventions, leurs différences et leurs aspects communs. La présence d’opérations de symétrie et le choix différent de l’orthogonalisation des cellules unitaires peuvent être pris en compte.
Pour une liste d’atomes, définie comme un fichier PDB ou PDBx/mmCIF, le programme peut directement recalculer leurs coordonnées en fonction de la transformation obtenue (rotation + translation).
Pré-requis informatiques nécessaires au logiciel
La version de base du programme a été développée pour Windows, mais il fonctionne également sous Linux et Mac OS.
Le programme peut être exécuté en utilisant Python installé indépendamment (versions 2.6 – 2.7 et 3.7 – 3.8), avec la bibliothèque wxPython.Lorsque l’interface graphique PHENIX est installée, on peut également exécuter le programme en tapant la commande pym2_convrot_270820.py ou pym3_convrot_270820.py.
Télécharger (fichier source en wxPython + fichiers d’aide en .pdf : pym2_convrot.zip ou pym3_convrot.zip)
Réalisé par Urzhumtseva L.M., Barchet, C., Klaholz B.P. and Urzhumtsev A.G.
Publication : Urzhumtseva et al. (2024) J.Appl.Cryst, v. 57; doi.org/10.1107/S1600576724002383
Objectif du programme
Le logiciel VUE représente des vues / projections en cryo-EM views à utiliser pour construire une image tridimensionnelle et effectue une analyse statistique de base de cette distribution. Les vues sont représentées par des points, éventuellement d’un couleur différent pour des fréquences différentes, aussi que par une carte de fréquences calculée sur une grille uniforme sur la surface d’une sphère. Les deux sont données par la projection de Lambert qui conserve l’aire des éléments de la surface sphérique ; par conséquence, ces images donnent une représentation de la distribution correcte qualitativement aussi que quantitativement. L’histogramme et l’histogramme cumulatif montrent, dans l’échelle logarithmique, le nombre de cellules de la grille avec des fréquences associées. Par demande, le logiciel peut créer un fichier de sortie de vues, en même format que celui du fichier d’entrée, dont toute ligne est complétée par la fréquence de la vue respective et par le poids à utiliser pour équilibrer sa contribution au cas d’une distribution fortement non-uniforme.
Pré-requis informatiques
Le logiciel utilise python3 (développé sous version 3.7.4) avec des bibliothèques Numpy (version 1.18.4 ou plus tard) et MatPlotLib (version 3.4.3 ou plus tard) ; il peut éventuellement fonctionner avec certaines versions précédentes (non testé).
Téléchargement
Le fichier zip contient :
- VUE_x.py – source du logiciel en python3 (dernière version)
- run_ct24_data.star – exemple d’un fichier de vues en format star
- VUE_24.dat – exemple d’un fichier de paramètres pour analyser run_ct24_data.star (changer le nom vers VUE.dat pour utiliser)
- VUE_24.log – fichier de sortie respectif après avoir tourner VUE_24.dat
- Figure_24.png – diagrammes crées par le logiciel tourné avec VUE_24.dat
- run_ct24_dataw.star – fichier de vues créé par le logiciel tourné avec VUE_24.dat
- VUE_24w.dat – example d’un fichier de paramètres pour analyser run_ct24_dataw.star (changer le nom vers VUE.dat pour utiliser)
- VUE_24w.log – fichier de sortie respectif après avoir tourner VUE_24w.dat
- Figure_24w.png – diagrammes crées par le logiciel avec VUE_24w.dat
- VUE_example.dat – fichier complet de paramètres avec des abréviations, leurs valeurs utilisées par défaut, et des commentaires