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Projet COVID : Etude de l’émergence de pathogènes dans les eaux usées
Les eaux usées sont actuellement étudiées comme indicateurs peu chers et prédictifs des émergences de pathogènes dans les populations. Au sein du consortium OBÉPINE, notre laboratoire analyse les eaux usées de 12 stations d’épurations en Alsace. Notre enquête épidémiologique hebdomadaire actuellement basée sur le SARS-CoV-2 couvre plus de 600 000 personnes et est représentative de la population régionale (villes, villages, hôpitaux, industries… etc).
Nos résultats sont traîtés par un modèle mathématique de normalisation. Il permet la quantification de la circulation du SARS-CoV-2 dans la population au cours du temps. La superposition de ces données avec le taux d’incidence (bleu) et le taux d’hospitalisations (rouge) montre l’importance de notre analyse dans la prédiction de l’épidémie. En fait, on détecte une circulation augmentée du virus environ deux semaines avant l’augmentation du taux d’hospitalisation. Cela peut être expliqué par le fait que les patients commencent à relarguer le virus à la selle avant l’apparition des premiers symptômes. Les résultats des quantifications sont publiés chaque semaine sur ce site web :
Les techniques utilisées actuellement pour l’extraction et les quantifications de SARS-CoV-2 ont des limites de détections autour de 2000-4000 unités génomiques par litre et ne permettent pas un séquençage efficace pour suivre l’émergence des variants.
