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Instrumentation
La plateforme protéomique utilise des spectromètre de masse liés à des chaînes chromatographiques en nano débits (nano LC-MS/MS).
Q Exactive Plus
- couplé à une chaine HPLC Easy-nanoLC1000 (ThermoScientific) :
Cet appareillage a été installé en Janvier 2016, aquis sur financement IdEX Unistra (Equipements mi-lourds).
Ce spectromètre de masse de marque ThermoScientific est un hybride Quadripôle-Orbitrap : il combine la sélection quadripolaire des ions précurseurs à la haute résolution et la précision de masse de l’analyseur Orbitrap.
La plateforme utilise cet instrument pour les analyses protéomiques qualitatives et quantitatives, pour toutes les prestations de recherche proposées : « Shotgun », « Interactome » et « Différentiel », ainsi que pour la détermination des modifIcations post-traductionnelles.
Triple TOF 5600
- couplé à une nanoLC-Ultra-2D-plus (Sciex) :
Cet appareillage a été acquis en décembre 2011 sur financement LabEX (NetRNA).
Ce spectromètre de masse de marque Sciex est un hybride Quadripôle – Time Of Flight.
La plateforme utilise cet instrument pour les développements et les contrôles qualité de protéines.
Analyses bioinformatiques :
La plateforme est équipée d’un serveur informatique installé sur le campus. Celui-ci permet de disposer de nombreux logiciels de retraitement des données issues de la spectrométrie de masse :
- Mascot et Mascot Daemon : recherche en banques de données (version 2.6, MatrixScience).
- Proline : suite logicielle open-source dédiée aux analyses protéomiques qualitatives et quantitatives (ProFI, Proteomics French Infrastructure).
- Logiciels dédiés à l’analyse des données Sciex : ProteinPilot, PeakView et MarkerView.
- Logiciel dédié à l’analyse des données Thermo : ProteomeDiscoverer.
- ProgenesisQI : pour la quantification relative à partir de données « Label-Free » (Non Linear Dynamics).
- Skyline : logiciel open-source dédié au retraitement de données d’analyses ciblées (SRM, MRM, PRM) et aux analyses quantitatives (MS1, SWATH).
