Un poste de doctorat est à pourvoir au sein de l’Unité ARN (UPR9002 du CNRS) à Strasbourg.

Les particules ribonucléoprotéiques (RNP) sont composées d’ARN associés à des protéines RBP (RNA-binding proteins) et jouent un rôle central dans les systèmes biologiques tant au niveau du maintien de l’homéostasie cellulaire, que dans l’établissement de processus infectieux ou pathologiques. En conséquence, l’identification des constituants de ces RNP et la caractérisation de leur dynamique de formation ont connu une véritable explosion au cours de la dernière décennie. La caractérisation fine du mode et de la spécificité d’interaction entre les composants de ces RNP requiert cependant l’analyse d’un grand nombre de mutants. Alors que plusieurs méthodologies à haut-débit ont été mises au point pour l’analyse de banques de mutants d’ARN, les progrès ont été plus modestes du coté protéique. Ce projet vise à mettre au point et exploiter une nouvelle technologie de criblage s’appuyant sur la microfluidique en gouttelettes d’eau dans l’huile pour analyser plusieurs millions de mutants de RBP en une seule expérience et ainsi combler ce vide technologique. Nous utiliserons pour cela une nouvelle chimie de couplage développée par l’équipe d’Alain Wagner (faculté de Pharmacie, Illkirch) qui permettra l’immobilisation efficace d’ARN cibles sur la surface interne des gouttelettes. Les gènes codant pour des mutants de la RBP seront ensuite exprimés dans ces gouttelettes, à raison de plusieurs millions de gouttelettes chacune contenant un mutant différent de la protéine. En effet, des millions de gouttelettes peuvent être facilement produites et manipulées dans nos systèmes microfluidiques. De plus, un système optique d’analyse unique, développé par l’équipe permettra de mettre en évidence la capacité de chaque mutant à reconnaître l’ARN présenté en surface de la gouttelette (suivi de relocalisation de fluorescence) et ainsi d’identifier parmi les millions de RBP mutantes, celles capables d’établir l’interaction avec leur ARN cible. Cette approche ambitieuse ouvre de nouvelles perspectives pour la cartographie des réseaux d’interaction moléculaire avec une précision encore jamais atteinte. Par ailleurs, l’utilisation d’une approche analogue permettra aussi de reprogrammer la spécificité de la RBP vers la reconnaissance de nouvelles séquences d’ARN et ainsi de développer de nouveaux couples ARN/protéines orthogonaux avec un large spectre applicatif, en particulier en biologie de synthèse, mais aussi à plus longue portée dans le domaine pharmaceutique.
S’appuyant sur le savoir-faire robuste de l’équipe et de ses partenaires en chimie (Alain Wagner) et physicochimie (Marie-Pierre Krafft, ICS-Strasbourg), ce projet hautement interdisciplinaire bénéficie d’un financement de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) et il amènera le/la candidat(e) à utiliser une grande variété de techniques et de technologies modernes dans un cadre collaboratif dynamique et très interactif.

Pour plus de détails et pour postuler, RDV sur le portail emploi CNRS.

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Pr Michaël RYCKELYNCK
m.ryckelynck@ibmc-cnrs.unistra.fr

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