Structure, évolution et dynamique des complexes protéines:ARNt

La cristallographie est notre outil d’investigation favori pour caractériser la structure 3D des ARN et des protéines. Chaque étude cristallographique comporte quatre grandes étapes :

L’étape la plus difficile dans ce scénario reste très souvent la cristallisation de la molécule cible. Obtenir de bons cristaux d’une biomolécule n’est pas une tâche facile en raison des nombreux paramètres physiques, chimiques et biologiques qui interviennent dans le processus de cristallisation. Nous sommes très actifs dans ce champ de recherche appelé cristallogenèse biologique et qui porte sur chacune des étapes présentées ci-dessus pour comprendre leur influence sur la qualité des cristaux et, par ricochet, sur la précision des données structurales tirée de leur analyse.

Au cours des vingt dernières années, notre groupe a participé au développement de méthodes qui facilitent la préparation des cristaux pour des études cristallographiques comme :

• l’utilisation des diagrammes de phase comme outils d’optimisation [Sauter et al 1999a, Zhu et al 2002, Schellenberger et al 2011a]
• l’utilisation d’additifs pour améliorer la croissance et la qualité des cristaux [Sauter et al, 1999b, Bonnefond et al. 2011]
• la croissance des cristaux dans le gel d’agarose pour atteindre une plus grande résolution [Sauter et al. 2002, Schellenberger et al 2011a], une mosaïcité plus faible [Lorber et al 1999a, 1999b], un meilleur refroidissement cryogénique [Biertümpfel et al. 2005] ou un trempage des ligands [Sauter et al. 2009].
• la cristallisation par la méthode de contre-diffusion [Garcia-Ruìz et al. 2001, Biertümpfel et al. 2002, Dhouib et al 2009]
• la cristallisation dans les puces microfluidiques [Sauter et al 2007, Dhouib et al 2009, Pinker et al 2013, de Wijn et al 2019]
• la préparation de microcristaux pour la cristallographie en série [de Wijn et al 2020]