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Identification des cibles des miRNAs viraux et cellulaires

Localisation génomique des miARNs de l'EBV et du KSHV
Localisation génomique des miARNs de l’EBV et du KSHV

Parmi les nombreux facteurs qui provoquent la prolifération et la malignité d’une cellule normale, les infections virales représentent l’un des principaux contributeurs, car jusqu’à 15 % de tous les cancers humains impliquent une infection virale, comme les cancers associés au virus Epstein-Barr (EBV). Les virus ont développé de multiples stratégies pour empêcher les cellules infectées d’entrer en apoptose et de se cacher du système immunitaire grâce à l’utilisation de nombreuses molécules immunomodulatrices. La découverte des miARN viraux montre que chez les mammifères, les virus peuvent utiliser à leur avantage la machinerie de réduction au silence de l’ARN de l’hôte, et apporte de nouvelles connaissances sur la manière dont les virus peuvent provoquer des cancers. À cet égard, l’identification des cibles cellulaires des miARN viraux et/ou cellulaires est un défi important. Pour relever ce défi, nous utilisons des approches globales et impartiales telles que les analyses transcriptomiques et protéomiques de lignées cellulaires exprimant des miARN viraux individuels ou groupés. Nous avons généré de telles données pour les miRNAs du virus de l’herpès associé au sarcome de Kaposi (KSHV). Nous utilisons des lignées cellulaires stables exprimant tous les miARNs du KSHV soit de manière constitutionnelle, soit de manière inductible. En analysant les profils des puces Affymetrix de ces cellules, il est possible de générer des listes de cibles potentielles. Cela est possible car les miARN déstabilisent parfois les transcriptions ciblées. Les cibles candidates qui sont récupérées par cette approche sont ensuite validées par des tests de reporters. Nous utilisons également une approche biochimique reposant sur l’immunoprécipitation de complexes d’argonaute pour isoler des cibles cellulaires. Ce projet comporte également un aspect clinique dans lequel nous analysons les profils des miARN d’échantillons de tumeurs isolés de patients qui sont infectés de manière latente par l’EBV ou le KSHV.